A Capela Nossa Senhora da Misericórdia da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo comporta até 180 pessoas e possui um estilo arquitetônico gótico com seus arcos em ogivas, abobadas nervuradas, torres altas e pontiagudas arrematadas por pináculos e adornadas por vitrais coloridos verticais ou em forma de rosáceas.

A construção da Capela foi posterior ao hospital, data-se entre os anos de 1900-1901.

A pedido do Provedor e do Mordomo do Museu, deu-se a restauração entre maio de 2003 a outubro de 2004.

Nas laterais da Capela encontram-se pinturas das imagens de São João Batista, São Francisco Xavier São Vicente de Paulo, São Luiz Gonzaga, Santo Antonio de Pádua e São Francisco de Salles.